Apesar de ser aliado de Dom Pedro II, o marechal Deodoro da Fonseca aproximou-se dos grupos militares alinhados com o positivismo. Ele assumiu a liderança dos republicanos no Exército e, em 15 de novembro de 1889, comandou as tropas que depuseram Dom Pedro II.
Com Deodoro, chegavam ao poder os militares, que dominaram a política brasileira nos primeiros anos da república. O marechal tornou-se o primeiro presidente do Brasil. Seu governo e o do seu sucessor, o marechal Floriano Peixoto, são chamados na historiografia de República da Espada (1889-1894).